Организаторами Конгресса выступили Центральный Банк Российской Федерации и Правительство Санкт-Петербурга. В работе МБК-2006 приняли участие представители Правительства Москвы, Санкт-Петербурга и Ленинградской области, Главного Управления Банка России, Управлений надзора за финансовыми рынками Австрии, Норвегии, Финляндии, Национальных банков Польши, Молдовы, Казахстана и других стран, а также более 200 банков и филиалов Санкт-Петербурга.
На церемонии официального открытия Конгресса с приветственными обращениями выступили губернатор Санкт-Петербурга Валентина Матвиенко, заместитель Полномочного представителя Президента РФ в Северо-Западном Федеральном округе Любовь Совершаева и Председатель Банка России Сергей Игнатьев.
В ходе Конгресса обсуждался широкий круг вопросов: повышение эффективности банковского надзора, реализация «Базеля-II» («Международная конвергенция измерения капитала и стандартов капитала: уточненные подходы»), устойчивость банков и банковских систем, совершенствование внутреннего контроля и внутреннего аудита в банках. Участники обсудили проблемы перехода банковского сектора на составление финансовой отчетности по МСФО, возможности повышения эффективности кредитного процесса в России, качества кредитов и устойчивости банковской системы, вопросы управления банковскими рисками, аутсорсинга и консолидированного надзора, системы оценки финансового положения банков и другие проблемы.
На Конгрессе прозвучали выступления представителей крупнейших российских и зарубежных банков, международных финансовых организаций, банковских союзов и ассоциаций, аудиторских фирм и инвестиционных компаний. В число докладчиков вошли Татьяна Парамонова, Первый заместитель Председателя Банка России, Павел Медведев, Первый заместитель Председателя Комитета по кредитным организациям и финансовым рынкам, Александр Мурычев, Президент Ассоциации региональных банков России, Надежда Савинская, начальник ГУ Банка России по Санкт-Петербургу, Герхард Хофманн, глава Департамента банковского и финансового надзора Немецкого федерального банка (г. Франкфурт-на-Майне), Ристо Мааттанен, Член Правления Управления финансового надзора Финляндии и другие.